蛋白质在化学上通常用“Protein”表示,而在生物学文献中,蛋白质的缩写是“Prot”。在化学式或者分子式中,蛋白质的表示通常包括其分子量以及氨基酸序列,例如使用特定的缩写字母来代表每种氨基酸,如甘氨酸(Gly)用G表示,丙氨酸(Ala)用A表示,等等。具体的氨基酸缩写字母如下:
甘氨酸(Glycine): G
丙氨酸(Alanine): A
赖氨酸(Lysine): K
精氨酸(Arginine): R
组氨酸(Histidine): H
异亮氨酸(Isoleucine): I
亮氨酸(Leucine): L
蛋氨酸(Methionine): M
苯丙氨酸(Phenylalanine): F
色氨酸(Tryptophan): W
苏氨酸(Threonine): T
缬氨酸(Valine): V
酪氨酸(Tyrosine): Y
天冬氨酸(Aspartic acid): D
天冬酰胺(Asparagine): N
谷氨酸(Glutamic acid): E
谷氨酰胺(Glutamine): Q
脯氨酸(Proline): P
丝氨酸(Serine): S
甘氨酸(Cysteine): C
蛋氨酸(Methionine): M
这些缩写字母按照氨基酸在蛋白质中的顺序排列,用以表示蛋白质的氨基酸序列。